小儿外科建立于1997年，2004年正式成为医院一级科室。已经发展有新生儿外科、儿童肝胆外科、儿童胃肠外科、儿童泌尿外科、儿童胸心外科、儿童肿瘤外科、儿童神经外科等专业方向。 2015年、2018年连续两届“柳州市临床重点专科”，是自治区先天性结构畸形救助定点机构。 设置有小儿外科门诊（含先天性结构异常咨询门诊）、小儿外科病房，开放床位45张。科室现有医护人员44名，现有医生13人（正高级职称1人、副高职称4人、中级职称5人、初级职称3人，研究生6名），护理人员30人（副高职称3人、中级职称9人、初级职称18人）。开展新生儿外科：主要诊治食道闭锁、食管裂孔疝、先天性膈疝、腹裂、脐膨出、十二指肠闭锁、环形胰腺、幽门肥厚、先天性肠旋转不良、肠闭锁、胆道闭锁、先天性巨结肠、先天性肛门直肠畸形等。小儿胃肠外科：诊治先天性巨结肠、肠重复畸形、腹股沟斜疝、肛瘘、急性肠套叠、急性阑尾炎、急性肠梗阻、消化道出血、美克尔憩室、急性胰腺炎、腹部外伤等。小儿肝胆外科：胆总管囊肿、胆道闭锁、门静脉海绵样变等。小儿泌尿外科：泌尿系畸形的矫治和重建，如肾畸形、肾积水、输尿管积水和囊肿、膀胱输尿管返流、尿道下裂、尿道上裂、两性畸；泌尿系肿瘤如肾母细胞瘤、膀胱横纹肌肉瘤等的诊治。小儿胸心外科：开展新生儿婴幼儿等低年龄在内的临床多种单纯和复杂先心病的治疗，如室间隔缺损、房间隔缺损、法洛四联征、肺动脉闭锁。胸肺部病变，如先天性漏斗胸、先天性膈疝、纵膈肿瘤、脓胸、先天性肺囊性病变、膈膨升等。小儿肿瘤外科：神经母细胞瘤、肾母细胞瘤、各部位的良恶性畸胎瘤、骶尾部肿瘤、肝脏肿瘤、横纹肌肉瘤、血管瘤、淋巴管瘤的诊断及手术。小儿神经外科：诊治室管膜瘤、颅咽管瘤、颅底肿瘤、以及髓内肿瘤、各种椎管内及脊柱肿瘤，包括先天性脑积水、脊髓和脊膜膨出、脊髓栓系综合征、颅缝早闭、各种先天性颅颌面畸形等。